芽孢杆菌主要用到的就是枯草芽孢杆菌，它主要是耗氧分解池塘大分子有机物，起到净水作用。产多种的酶，分解池塘未消耗的蛋白质，碳水化合物，纤维，简单理解就是分解残饵粪便以及死藻产生各种酶和维生素供虾和藻类利用。是水体循环的重要一份子。
芽孢杆菌在水体里面作用很快，直观效果就是量大了容易缺氧，导致水产养殖产品浮头，因为它耗氧较多，所以一般都是晴天使用，因为晴天藻类工作比较轻松，可以产生大量溶氧，用量合适几天浓绿的水就可以变清。它衰弱期在一周左右，质量差的三五天。所以经常用的时候一般间隔5-7天。
芽孢主要作用就是分解有机物，不论是剩余的饲料或者老化的藻类等。都可以用芽孢来分解。如果，观察到透明度有降低的趋势，通过分析是有机物含量上升造成的，我们就可以使用芽孢来处理。但是，也要少量多次，只要控制合适的透明度即可，不能等有机物含量太高了再处理，那样会造成水质环境的波动，有机物浓度骤降，透明度突然升高等，多少都会对虾产生应激。也会对池塘原生的菌类生态系统造成比较大的影响。导致后期调水越来越难把握。
在溶氧充足的情况下生物占位是相对比较厉害的产品，像抑制弧菌和其他杂菌，只要溶氧充足适量的芽孢可以有效防治弧菌的泛滥。但是前提是保证底氧的充足。如果底氧不足，用芽孢反而会造成弧菌爆发。因为底氧不足，芽孢下去分解有机物的同时降低底部溶氧，反而为弧菌提供了有利条件。
适宜温度，在18-37度之间，开始有活性，到活力旺盛，所以温度低于15度效果都不会太好。在养殖前期肥水的时候少量的芽孢分解池塘有机物，为藻类提供营养，能起到肥水的作用。切记是少量。
另外芽孢需要碳源提供能源，在使用芽孢的时候最好搭配一定量的碳源，像红糖，糖蜜，葡萄糖等等可以加快它的繁殖速度，延长衰弱期。